Après la disparition de sa mère dans un incendie, Mahito, un jeune garçon de 11 ans, doit quitter Tokyo pour partir vivre à la campagne dans le village où elle a grandi. Il s’installe avec son père dans un vieux manoir situé sur un immense domaine où il rencontre un héron cendré qui devient petit à petit son guide et l’aide au fil de ses découvertes et questionnements à comprendre le monde qui l'entoure et percer les mystères de la vie.

Très librement adapté d’un roman pacifiste de 1937 s’adressant à la jeunesse du Japon alors en guerre, le dernier (et ultime ?) long métrage du cinéaste de 82 ans est un film-somme mystérieux et virtuose, évoquant, à travers la quête fantastique d’un jeune adolescent, la question du deuil et de la transmission. On retrouve tout l’univers du maître japonais dans cette fresque luxuriante, débridée et délicate. Un petit bijou d’animation.